中共八届扩大的十二中全会。全会通过了由江青等人一手操纵凭伪证写成的所谓“刘少奇罪行的审查报告”，决定把刘开除出党，撤销其党内外一切职务。

    12月根据周恩来的指示，有关部门成立国民经济计划起草班子，开始编制1969年国民经济计划。

    1969年

    1月底至2月初在两次谈话中提出：应改变气象技术落后面貌，做好气象服务工作。

    3月全国计划座谈会在北京召开。座谈会期间，周恩来就企业管理体制下放问题作出指示。

    4月出席中国共产党第九次全国代表大会。会前，周恩来曾提议让王恩茂、徐海东等老同志参加九大。大会通过了政治报告和新的党章，选举产生了新一届中央委员会。周恩来当选为九届中央委员。

    4月5日在《关于陶铸的病情报告》上批示，要求将病重的陶铸送入医院治疗。

    4月12日召集有关部门负责人汇报飞机生产质量事故问题时，严厉批评砸烂一切规章制度的做法，指出这是否定一切的极左思潮。

    4月28日出席中共九届一中全会。周恩来被选为中央政治局委员、常委。

    5月4日致信国务院直属口及人大、政协军代表，强调清理机关干部队伍时应注意政策，不要批斗民主党派的领导人。

    8月27日中共中央、中央军委转发《关于加强全国人民防空工作的报告》，决定成立各级人民防空领导小组。经毛泽东批准，周恩来担任全国人民防空领导小组组长。

    9月初率中国代表团赴河内吊唁胡志明主席，并同越南党政军领导人会谈。

    9月11日在北京机场会晤苏联部长会议主席柯西金，双方就维持两国边界现状、避免武装冲突问题达成谅解。18日，致信柯西金，重申了两国领导人达成的谅解。同年10月20日。中苏边界问题谈判在北京举行。

    9月30日主持盛大招待会，隆重庆祝建国20周年。一批老同志和民主党派人士出席了招待会。

    10月中、下旬根据中共中央统一部署，具体安排中央国家机关下放工作，并安置一批老同志及其家属离京疏散到外地。

    1970年

    2月13日出席全国棉花生产会议，并作《自力更生，艰苦奋斗，种好棉花》的讲话。

    2月至3月根据周恩来指示，国务院召开全国计划会议，制订1970年国民经济计划，并着手研究第四个五年计划纲要。

    3月4日就华罗庚来信要求追查被盗手稿事，指示有关部门负责人保护华罗庚人身安全，并追查丢失手稿，力求破案。

    4月5日应金日成首相邀请，赴平壤对朝鲜进行友好访问。

    4月24日第一颗人造地球卫星发射成功。

    4月下旬出席在中国境内举行的印度支那人民最高级会议。

    5月21日出席首都人民支持世界人民反对美帝国主义斗争大会。

    6月国务院所属各部门机构实行重大调整，原有90个部、委直属机构精简合并为27个，暂定编制为原有人员的百分之十八。

    7月31日就原煤炭工业部部长张霖之死亡问题，为国务院起草一份通知，决定将张按人民内部矛盾处理，其家属按革命干部家属看待。

    8月下旬至9月上旬出席在庐山召开的中共九届二中全会。会上，林彪、陈伯达等人搞突然袭击，煽风点火，搞乱会议议程。毛泽东揭露了陈伯达，挫败林彪抢班企图。全会批准了国务院关于全国计划会议和1970年国民经济计划的报告。

    9月17日同文化教育部门负责人谈话，提出不要因人废文，要反对形而上学、片面性。

    10月至11月初三次会见来华访