长“科学救国”之遗言，恪尽职守，为国效力。叶企孙便想起在港期间曾最后见过元培先生，那时他就一脸病容，为营救熊大缜一事竟拖着病体奔走协助，真是感人至深。还有朱家骅先生，自赴美南京号上相识，平素并无多少联系，但在熊大缜事件上却频施援手，他也颇为感动。总干事一职，他本人并无多少热情，但朱氏却不顾压力，虚位以待，将自己引为最佳人选，国士待我，国士报之，自己能来渝赴任，多少也有这层意思。但更多的因素还是为实现自己“科学救国”的大愿，这是就职的根本原因。诸多感怀，纷至沓来，就着蔡公遗酒，叶企孙不觉喝得有些过量，直到散席，他都没有再说什么话，只是看着众人微笑。熟悉叶先生的人都知道，这是他喝酒过量的招牌表情。

    叶企孙上任后，以报效国家的热情和科学家的理性、谨严的风格，开始对中央研究院施以影响。中央研究院的机关在重庆市区，而下属各研究所却在郊县，有的甚至远离重庆数百公里。叶企孙向朱家骅提出的唯一请求是他不想去戒备森严的政府院内汇报工作（因朱家骅还是国民党组织部部长），而是请朱家骅定期到研究院下达指示。叶企孙凡事均亲历亲为，直接跑各研究所，这很像我们今天所说的“下基层”。在他任总干事的日子里，更多的时候是在基层度过的。在不到一年的时间里，中央研究院在健全组织、理顺关系、资金投入、调整科研方向、重点扶植科研新人等方面都颇有起色。

    叶企孙在中央研究院主管科研时的工作思路就是“一切为了抗战”，“科研为抗战服务”。直接作用于抗战杀敌的武器弹药研究，是他特别着力关注的方向。在重庆郊外的弹道研究所里，大部分研究人员都是他的学生，他常常在这里一住就是好多天。

    兵工弹道学严格说来属于经典物理的范畴，或许是专业关系，叶企孙很早就对这门国防领域的基础学科给予了关注。1930年，叶企孙在德国进修期间，了解到欧洲特别是德国在兵工弹道学上的发展，便建议国民政府不仅派员去国外学习使用枪炮的方法，还要学习和引进兵工弹道学这门科学。他举例说，众所周知，中国人发明了火药和火器，在宋之前就将火药火器用于战争，但多是铁砂散弹之类，对发射机理和瞄准技术没有深入研究。而欧洲人欧拉在第一次世界大战之后就写下了《关于不久前的射击实验的随想》，从此揭开了现代兵工弹道学的序幕。叶企孙为此推荐了一个去德国学习兵工弹道学的人选，这就是葛庭燧。后因葛在学潮运动中被政府认定为思想偏激而没有成行。1933年庚款选送留美公费生时，叶企孙特别留出两个兵工名额，一个学枪炮制造，一个学弹道学，后者由清华大学物理系第五级毕业生熊鸾翥考取。鉴于叶企孙的建议，国民政府于1936年在南京兵工署设立弹道研究所，购进一套设备，从瑞典请来一位弹道专家，并从清华、交大、浙大等高校选来8名学生予以培训，地点就在国民党的汤山炮校内。后来8名中的一半都相继离去，仅剩下清华大学选送的杨镇邦和陈亚伦及浙大、交大各1人。在德国学成的熊鸾翥在七七事变后以中国第一位兵工弹道专家的身份前来加盟，王大珩后来也分派到这里，这使清华大学学生在研究所的份额达到了2/3以上。

    杨镇邦初搞弹道研究，心中惴惴不安。他认为此专业乃是an art of killing（杀人的艺术），每天手不释枪炮，与自己善良的性情相去甚远。他将自己的苦恼写信寄给了叶企孙和吴有训先生。叶师给了他很好的建议，并专程为他联系了另外的工作。叶师从不强加于人，虽然他认为兵工弹道学对国家不可或缺。杨镇邦后来被家兄训了一通：“你在校时高喊抗日，如今战争降临，你却要打退堂鼓。你应该听从老师的安排，将你所学的报效国家！”

    亲友的劝说给了杨镇邦很大的