1941年，叶企孙被任命为中央研究院总干事。

    就其体制来讲，中央研究院很像我们现在的中国科学院。而总干事就是院长之下的第二把手。院长由政府要员担任，并不实际参与管理日常事务，平时的运转，全凭总干事指挥与调度。

    中央研究院由蔡元培出任第一任院长，曾任孙中山先生秘书长的杨杏佛任第一任总干事。1938年蔡元培逝世，根据中研院拟定的章程，朱家骅被蒋介石选定为中研院第二任院长。1940年夏，清华大学校长梅贻琦因公赴渝期间，朱家骅曾向他表露过要请叶企孙出任总干事一职的想法，没有得到梅院长的同意。当时梅的回答是“可以是可以，不过清华的事业也离不开叶，最好是不完全脱离清华而两边兼顾”。1940年9月29日，朱家骅致函梅贻琦，再次要求他能够同意自己的请求。朱氏认为，总干事一职担负的是国家科学振兴的大任，非同小可，只有学术权威且能为国出力的人才能担任。同时，这个职务还需要有非凡的组织才能和良好的人际关系。当时为了这个职务，各个学派互不相让，各派势均力敌，争夺得好不热闹。但朱家骅只看好叶企孙。因为就学术成就而言，叶企孙是一位成绩卓著的科学家，就人品来说，叶企孙为人正直，重才敬才，无派无系，心怀坦荡，是当然的最佳人选。

    但清华大学确实离不开叶企孙，特别是特种事业研究所的事情，全指望叶企孙一手料理。梅贻琦很为难，他曾找叶反复商讨此事，终因研究所事务太多，叶无法脱身而一拖再拖。直到1941年6月，朱家骅再致函梅贻琦，表示愿意“让步”，此函全文如下：

    前者文旆莅渝，两次领教，快洽平生。复承允让企孙兄来渝襄助，尤深感谢，所谈一切，谅已详为转达矣。院务停顿已久，拟烦再劝企孙兄提前来渝。此事一再偏劳，心甚不安，实非获已，当蒙亮察。至贵校之研究事业，弟雅不愿置而不顾。故企孙兄如一时不能完全脱离，在贵校未得相当替人以前，尽可仍由企兄暂时遥领。如此办法，在院方本无先例可援，实为贵校计虑，委曲求全。务祈兄台从速物色继任人选，俾此事于十月底以前得以完全解决，感幸何如。临款神驰，不尽缕。敬颂

    同时，朱家骅也给叶企孙本人发过要他出任总干事的信，叶出于对清华的负责，曾与梅贻琦商量，梅最后权衡再三，决定暂时允许叶企孙赴任中央研究院总干事一职，他在给叶企孙的信中这样写道：

    足下之去中研院，在清华为一重大损失，在琦个人尤感怅怅，但为国内一重要学术机关发展起见，不应自吝，乃不得不允君请假，暂就该院职务，而本校特种研究所事务，三年以来足下之筹划、调节，工作进行实多顺利，则今后之须足下继续主持，非仅本校同人之所希冀，仰中央研究院方面在互助之原则上，在研究工作联系之观点上，当亦必予同意也。至研究所事务，除属于通常性质者另请代理外，其所工作计划与报告，及经费预算等问题，则尽可能于大驾因院务来昆之时编核审定，是于中研院无妨，于本校则有大益。惟于足下不免多劳。而爱校如君者，想必不固辞也。

    当叶企孙接到这封信的时候，并没有因为梅校长同意他出任总干事一职而心生轻松之感，对他来说，离开清华本身不是一件快乐的事，多年来与清华风雨同舟、患难与共的经历，使他对这所学校有太多的感情和牵挂，他舍不得它。但是，一名教育工作者崇高的理想和信仰又使他不得不作出抉择，因为研究院总干事是致力于全国的科学事业，如果真能为全国的科学振兴办一些实事，出一把力气，自己的那点感情和留恋又有什么放不下的呢？9月中旬，在丹桂飘香的日子里，叶企孙走马上任了，他是带着振兴中国科学事业的愿望去重庆的，也是带着一腔热血和真情去重庆的。

    朱家骅在重