叶企孙进得清华园，只和一人有关，这个人就是梅贻琦。二人的秉性脾气，竟是那样的相合。放眼清华，一见如故者，在梅贻琦的私家相簿里，叶企孙怕是寥寥无几的一个。梅贻琦大叶企孙9岁，成为叶企孙的老师时，又教他数学与物理，这两门功课又偏偏是叶的最爱，以他的资质与勤奋，梅贻琦没法不喜欢他。梅的君子品性和精深学问当然也是叶的楷模。在清华园学习的时候，叶企孙是梅贻琦最得意的学生，这情形已然如在南开时的他与张伯苓。师生如父子，是中国最为独特的文化伦理景观之一。因此，当清华改制组建大学时，身为物理系“首席教授”的梅贻琦为校方提供延聘名单时，第一个想到的人选就是叶企孙。

    叶企孙很快就进入了状态，在教学上已能独当一面。清华改制后的大学部开始全力推进张彭春的课程改革，其特点之一就是不设系，将全部课程分为“普通”和“专门”两个阶段。学生在2-3年内修完规定课程后，获得考试“修业文凭”，然后再选择是否继续攻读或转学就业。倘若继续学习，就要再参加考试，获得资格后再升入“专门”课程，这就是所说的“专门”阶段。后来，张的这项改革计划被攻讦，大部分学生认为考入清华就已颇费工夫，而辛苦3年只得修业文凭，还不能出国进修，这实在是得不偿失，于是群起而攻之，而一些教授也持反对态度，使这项改革仅仅推行半年就宣告失败。叶企孙的大弟子王淦昌、施士元是1925年9月入学的，正好赶上这一改革实验。一开始，他们选修的是化学而不是物理，但是，他们上了叶企孙的课后，便改变了初衷。叶企孙的课叫“普通物理课”，之所以冠以“普通”，大概就是应合张彭春的“普通阶段”。在谈到如何由学化学而转学物理时，王淦昌回忆道：

    至于在科学中我选择了核物理这门学科，又是叶师为我铺的路。1925年，我和浦东中学同学施士元一起考取清华大学时，都是选的化学系。在第一年的课程中，最使我入迷的是化学课，化学实验设备很好，引人入胜，我做起化学实验来忘了一切，常常要有人提醒我或赶我离开实验室，我才会感到肚子饿了，赶快到食堂去找点什么充饥。二年级时，我和施士元都转到物理系了，这是怎么发生的呢？是叶师的为人品德，他对学生的厚爱，他的教学，像磁石吸铁那样把我吸引到物理科学事业中去了。有一次上普通物理课，叶师在大课堂上给我们演示伯努利原理，他拿着一个带有管子的小漏斗，另一手把豌豆从漏斗上放下去，同时用嘴在管子的另一端吹气，豌豆飘在漏斗中间，既掉不下来，也没有被吹的气冲走。这现象非常有趣，又耐人思索。叶师站在讲台上问：“我们在座的各位同学，有没有人能够解答这个问题？”我想了想，就站起来解释了这个问题，他听了非常高兴，说我理解问题清晰准确，自这以后，他经常找我，和我谈许多物理问题，关心我的学习和生活，告诉我学习有困难和问题时，随时都可以去找他。在叶师的循循善诱下，我逐渐觉得物理实验也很有意思。就这样，在进入专业课学习时，我选择了物理，从此决定我半个多世纪以来始终在物理的海洋中遨游！

    那时物理系创建伊始，全系教师、职工和学生总共才10人。只有叶师一名教授，他一个人讲各门主课，一年级时他教我们普通物理，二年级时他教我们电磁学，我们升到三年级，他给我们讲光学。他除了讲课外，还要带领3位助教建立各种物理实验室，开出各类实验课。我们升到四年级时情况才有了变化，叶师经过种种努力，终于在1928年请来了吴有训、萨本栋两位很有学问的年轻教授，由吴有训老师教我们近代物理，为我日后从事核物理研究打下坚实的基础，尤其是在从事实验物理学的研究本领方面给我极好的培养。（王淦昌《见物理系之筚路蓝缕，思叶老师之春风化雨》，见《一代师表叶企