军战士编入自己的部队，称为“补充团”，共四个营。主要任务是从事重体力劳动，为马步芳修桥开路，伐木盖房，开矿开荒从事生产。他们先后开通了民和至西宁的公路，修建了湟水大桥，修筑了张掖机场，在循化、化隆开垦了大片荒田。还有的被分到马步芳的义源工厂，为马家军生产军需用品。还有的被分到煤矿挖煤。

    “补充团”军官都由马家军担任，是一帮折磨人的恶魔。他们对红军战士进行强迫劳动和各种摧残。在修公路时，每天劳动长达十几小时，动作稍慢，军官就是一顿毒打。雨天不能施工，还要去搬石头，不准休息。在修张掖至西宁的公路时，要越过海拔3700米的山梁。严寒的气候冻伤了许多红军，但军官不肯为他们治病和改善一点生活条件，而是毫无人性地砍掉红军冻伤的脚指头。这些红军在青海做苦工受的折磨，是常人难以想象的，不知有多少人在苦难中含恨死去。就连马步芳自己也不否认这些事实，他对部下训话时说：“大家在任何战斗中，如不为团体拼命到底，一旦被人所俘，将来难免不受今天补充团这样的待遇。”1938年，国民党当局向青海征兵，马步芳将“补充团”2400人代替本地人送到兰州，编入第八战区。这些红军战士才脱离了马步芳的魔爪。到西安后，胡宗南听说这些壮丁是红军西路军人员，害怕不想要。八路军驻西安办事处闻讯即进行交涉，终于使这些受尽苦难的同志们回到了陕北革命根据地。

    能得到“感化”待遇的是很少一部分人。他们有的是有一技之长的专门人才。原9军通讯人员黄良诚、刘玉庭、曾庆良等被俘后，敌师长马彪对他们说：“你们干事的人（指技术人员）到哪里不一样？你们不要怕，不为难你们，即使捉到徐向前也不为难他，中央有命令。”他们被押到西宁后，就被编入马步芳的电台工作，还有点行动自由。曾庆良在西宁还找到了失散的妻子，两人终于设法团聚了。马步芳原想“感化”这些人为他服务，但这些红军干部都不屈服，经常用电台收听陕北的消息。后来国民党有命令，要把所有红军干部转送南京。他们也坚决要求离开青海。马步芳的电台主任不解地说：“共产党不知道用什么方法教育人，照理说曾庆良等千辛万苦，九死一生，已经脱离了艰难环境，生活方面也算有了一些改善，但他们临走时毫无留恋的表情。”后来，他们被转到兰州拱星墩国民党第八战区监狱，在那里见到了方强、徐太先等红军领导干部，与组织接上了关系，在监狱中开展斗争。当时正是国共合作，国民党当局对这些红军不敢怎么样。在中共代表张文彬和党组织营救下，他们在被押送到平凉时，终于脱身逃回援西军总部，受到刘伯承司令员的热烈欢迎。

    西路军女战士的遭遇是一幕催人泪下的惨剧。在红军各部队中，西路军的女战士最多，组成了一个妇女团。还有在政治部从事宣传工作的新剧团、后勤部医院的女同志，过黄河时约有1300人。妇女团团长王泉媛、政委吴富莲，都是从一方面军调来的干部。在河西走廊的激战中，妇女团与其他部队一样作战。临泽突围时牺牲了200多人，倪家营子近一个月的血战，妇女团伤亡多达600余人，几乎拼光了。康龙寺之战，妇女团与总部失去联系，被马家军打散了。上级让她们分散打游击，王泉媛带着剩下的红军在山里转来转去，躲避马家军搜索。当她们精疲力竭地在树林中熟睡时，被敌人全部俘虏了。当王泉媛等被押送到凉州，发现政委吴富莲也在狱中，合计共有100多名女战士。

    在关押期间，女红军不断受到马家军的强奸和凌辱。吴富莲本来就有病，不久就在监狱中病死了。马步青觉得把这些女兵老关着总是麻烦事，他手下军官和亲信好多还没老婆，就想法把女红军分配给部下为妻妾。女兵们拼命挣扎反抗，马步青对女红军说：“现在国共合作了，你们就在这里安家