维多利亚死后，他想回到翡冷翠，把“他的疲劳的筋骨睡在他的老父旁边”。一五五二年九月十九日米开朗琪罗致瓦萨里书。当他一生侍奉了几代的教皇之后，他要把他的残年奉献给神。也许他是受着女友的鼓励，要完成他最后的意愿。一五四七年一月一日，维多利亚·科隆娜逝世前一月，他奉到保罗三世的敕令，被任为圣彼得大寺的建筑师兼总监。他接受这委任并非毫无困难；且亦不是教皇的坚持才使他决心承允在七十余岁的高年去负担他一生从未负担过的重任。他认为这是神的使命，是他应尽的义务：“许多人以为——而我亦相信——我是由神安放在这职位上的，”他写道，“不论我是如何衰老，我不愿放弃它；因为我是为了爱戴神而服务，我把一切希望都寄托在他身上。”一五五七年七月七日米氏致他的侄儿利奥那多书。

    对于这件神圣的事业，任何薪给他不愿收受。

    在这桩事情上，他又遇到了不少敌人：第一是桑迦罗一派，这是安东尼奥·达·桑迦罗，一五三七年至一五四六年他死时为止，一直是圣彼得的总建筑师。他一向是米开朗琪罗的敌人，因为米氏对他不留余地。为了教皇宫区内的城堡问题，他们两人曾处于极反对的地位，终于米氏把桑迦罗的计划取消了。后来在建造法尔内塞宫邸时，桑迦罗已造到二层楼，一五四九年米氏在补成时又把他原来的图样完全改过。如瓦萨里所说的，此外还有一切办事员、供奉人、工程承造人，被他揭发出许多营私舞弊的劣迹，而桑迦罗对于这些却假作痴聋不加闻问。“米开朗琪罗，”瓦萨里说，“把圣彼得从贼与强盗的手中解放了出来。”

    反对他的人都联络起来。首领是无耻的建筑师南尼·迪·巴乔·比焦，为瓦萨里认为盗窃米开朗琪罗而此刻又想排挤他的。人们散布谎言，说米开朗琪罗对于建筑是全然不懂的，只是浪费金钱，弄坏前人的作品。圣彼得大寺的行政委员会也加入攻击建筑师，于一五五一年发起组织一个庄严的查办委员会，即由教皇主席；监察人员与工人都来控告米开朗琪罗，萨尔维亚蒂与切尔维尼两个主教又袒护着那些控诉者。切尔维尼主教即未来的教皇马尔赛鲁斯二世。米开朗琪罗简直不愿申辩：他拒绝和他们辩论。——他和切尔维尼主教说：“我并没有把我所要做的计划通知你，或其他任何人的义务。你的事情是监察经费的支出。其他的事情与你无干。”据瓦萨里记载。——他的不改性的骄傲从来不答应把他的计划告诉任何人。他回答那些怨望的工人道：“你们的事情是泥水工，斫工，木工，做你们的事，执行我的命令。至于要知道我思想些什么，你们永不会知道；因为这是有损我的尊严的。”据博塔里记载。

    他这种办法自然引起许多仇恨，而他如果没有教皇们的维护，他将一刻也抵挡不住那些怨毒的攻击。一五五一年调查委员会末次会议中，米开朗琪罗转向着委员会主席尤利乌斯三世说：“圣父，你看，我挣得了什么！如果我所受的烦恼无裨我的灵魂，我便白费了我的时间与痛苦。”——爱他的教皇，举手放在他的肩上，说道：“灵魂与肉体你都挣得了。不要害怕！”（据瓦萨里记载）因此，当尤利乌斯三世崩后，切尔维尼主教登极承继皇位的时候，他差不多要离开罗马了。教皇保罗三世死于一五四九年十一月十日；和他一样爱米开朗琪罗的尤利乌斯三世在位的时间是一五五○年二月八日至一五五五年三月二十三日。一五五五年五月九日，切尔维尼大主教被选为教皇，名号为马尔赛鲁斯二世。他登极只有几天；一五五五年五月二十三日保罗四世承继了他的皇位。但新任教皇马尔赛鲁斯二世登位不久即崩，保罗四世承继了他。最高的保护重新确定之后，米开朗琪罗继续奋斗下去。他以为如果放弃了作品，他的名誉会破产，他的灵魂会堕落。他说：“我是不由自主地被任做这件事情的。八年以来，