史镇京口，使豫州刺史诸葛长民监太尉留府事。由于对诸葛长民不放心，刘裕又加心腹刘穆之为建武将军，“配给资力以防之（诸葛长民）”。

    安帝义熙八年（412）冬十月，刘裕以王镇恶为前锋，授其轻船百艘。临行前，刘裕告诫王镇恶：“若贼可击，击之；不可击，烧其船舰，留屯水际以待战。”

    王镇恶乃苻坚名臣王猛之孙，自是计谋多端。他首先派人烧掉刘毅在江津的大小船只，自率步卒全船上岸，直奔江陵城杀来。半路，有人问兵将何人，王镇恶均遣人说是刘兖州（刘毅）亲军。因此，一路之上没有任何惊扰和阻挡。

    离城五六里远，刘毅亲信将领朱显之正好带兵要去江津，与王镇恶军打了个照面后，心起怀疑，问：“刘兖州何在？”

    王镇恶军士回答：“在后面。”

    朱显之心疑，径直策马向后军赶，却不见刘毅影踪。同时他发现这些兵士皆携带攻城器械，鬼鬼祟祟。远望江上，江津船队燃烧的大火正烧红半边天。大叫一声“不好”，朱显之掉转马头奔回城里向刘毅报告，并下令关闭各个城门。

    王镇恶和他手下兵士跑得也不慢，几乎是和朱显之同时疾驰入城，因此江陵诸城门未及落闸，王镇恶军已经冲入。几番恶战，刘毅退入牙城，仍与司马毛修之等督士卒力战。刘裕送与刘毅的诏敕及赦文，刘毅看都不看，均立时烧毁。

    刘毅手下有不少建康士兵，而进攻的台军（都城卫戍军）与这些人中不少都是中表亲戚，“且斗且语”，双方一面格杀一面交谈，才知此次刘裕本人真的是率军亲来，“人情骇散”，渐渐不支，傍晚时分，刘毅听事厅前的卫兵已散败而去，勇将赵索也阵亡。

    刘毅的亲兵仍旧忠于职守，“犹闭东西阁拒战”。半夜，毛修之由于先前与刘裕有私交，知事不济，自己带人逃走。刘毅自率几百兵士，也从北门突围，一路与王镇恶兵士勇斗，杀伤殆尽，至江陵城北二十多里的牛牧佛寺时，身边已无一个从人。

    刘毅紧拍寺门，要入内躲藏。寺僧隔着门缝表示拒绝，说：“从前我师傅收容了逃跑的桓蔚，被刘卫军（刘毅）下令杀掉，现在，我们实在不敢收留陌生人。”

    七年之前，刘毅平灭桓氏，严刑峻法，至此，终于有了“报应”。

    刘毅愣了半天，叹道：“为法自弊，一至于此！”眼见逃藏无地，刘毅在寺门边找了棵歪脖树，自缢而死。转天早晨，有人发现刘毅尸体。人死罪不免，刘毅尸身仍被抬入江陵市内，斩首示众，兄弟子侄皆伏诛。

    刘裕至江陵后，宽租省调，节役原刑，礼辟名士，至使“荆人悦之”，又打又拉，体现了政治家一贯的伎俩，成效不错。

    “处理”了刘毅，刘裕下一个“惦记”的目标人物就是督豫、扬等六州诸军事、留守建康的诸葛长民了。

    诸葛长民是琅琊人，“有文武干用，然不持行检，无乡曲之誉”。桓玄时，曾引用他为“参军平西军事”，不久就因贪污险些被罢免。刘裕等人伐桓玄，诸葛长民因为怨恨之故，踊跃相从，事成后被封为辅国将军。后来，诸葛长民又率众击败桓歆，其部下又击退慕容超于下邳，应该说是个具有相当军事谋略的小人。

    刘裕伐刘毅，诸葛长民居中用事，骄纵贪侈，不恤政事，四处纳财收贿，家中美女珍宝无数，大营宅第，残虐百姓。由于所行多不法，诸葛长民很怕刘裕日后会纠劾他的罪行，其弟辅国将军诸葛黎民也劝说：“刘毅宗族覆亡，我们诸葛家也要有准备啊。趁刘裕未还建康，应该先发制人才好。”

    本性贪财之人，拥易舍难，诸葛长民思来想去，犹豫不决，叹道：“贫贱常思富贵，富贵必履危机。今日欲为一布衣百姓，岂可得乎！”

    私下里，诸葛长民修书给冀州刺史刘敬宣，