首先坚持不住，向后溃退。他们一溃退，立即使侧翼的达武军和乌迪诺军暴露无遗，拿破仑见一下难以取胜，再加上天色已完全昏暗，不得不下令停止攻击。

    经过这一天几个小时的战斗，奥军顽强地坚守阵地，并使法军蒙受极大损失，查理大公心中窃喜，以为拿破仑又要重蹈阿斯佩恩和埃斯林战役的覆辙。

    ７月６日拂晓，双方激战重新开始。拿破仑命法军再次向奥军左翼发起猛攻，结果又败下阵来。拿破仑亲临战场观察，发现奥军两翼力量较强，且造成了有利之势，但正面过广，中央稍形薄弱，于是，他立即改变作战计划，不以主力攻击奥军左翼，而将所有兵力调向敌中央部位瓦格拉姆，实施中央突破。为使进攻瓦格拉姆的部队没有后顾之忧，拿破仑命达武军继续进攻奥军左翼防线，以牵制奥军。若有进展，则从右侧向瓦格拉姆发展进攻，配合主力行动，对敌形成钳形攻击态势。

    １８０９年７月６日上午，法军进攻瓦格拉姆的号角吹响了。数百门大炮一起开火，猛轰奥军中央阵地。各军团在炮火的掩护下奋勇前进。这时，达武军已突入敌军左翼阵地，并开始向瓦格拉姆方向进击。左翼奥军顽强抵抗，终因伤亡过重，放弃阵地溃逃。左翼溃败使得中央奥军处于不利状态，法军中央和右翼部队乘势猛攻。中央麦克唐纳军团的２６营人排成每边长达一公里的方阵，率先向敌军中央阵地席卷而去。尽管损失重大，最终还是突破了奥军中心，后面的部队随之而来。奥军被迫全线后退。下午４时，查理大公得知他望眼欲穿的援军即他弟弟约翰大公的部队还在十多公里之外，不觉大失所望。至此，他那用弧形防线围歼法军的计划已基本失败，他虽把法军已诱进他的网里，但他已没有力量拉起网来，反倒让法军打穿了网底。傍晚时分，查理大公见取胜无望，便下令全线撤退。奥军有秩序地撤出战场，留给法军的战利品只不过是９门火炮和一面军旗。

    瓦格拉姆一战，奥军死伤３２０００余人，被俘７５００余人，其损失不亚于奥斯特里茨战役。然而，法军付出的代价也是极其高昂的，法军损失了２７０００人。麦克唐纳因在这次战斗中表现突出，荣获殊荣，拿破仑在战场上授给他元帅节杖。

    此后整整一个星期内，法军都在继续追击退却中的奥军。７月１１日，奥皇弗兰西斯派出使者，请求休战，拿破仑欣然同意，但提出了苛刻条件：凡是法军在休战时刻已经到达的地方，哪怕只有几名法军到达，奥军都要撤走，而且在最后和约签订之前，这些奥军应留在法军手里作为人质。奥皇不得不对这些条件表示同意。

    谈判开始了，泄了气的奥皇准备忍受一切。他现在开始咒骂那些促使他进行这场战争的人。他清楚地记得在瓦格拉姆战斗之前拿破仑是怎样惩罚教皇的，那么瓦格拉姆战斗之后的奥地利又将是什么命运呢？他实在不敢想下去。

    双方在肖恩布鲁恩宫开始订约谈判。拿破仑开出的条件是：奥地利必须割让一部分土地给法兰西帝国，割让另一部分土地给华沙大公国和俄国，同时付出１３４００万法郎的战争赔款，将军队的人数限制在１５万人以内，继续执行抵制英国商品的大陆封锁政策。奥地利不甘心作出如此巨大的牺牲，他们与拿破仑讨价还价，反复恳求放宽一点条件，但胜利者毫不让步。谈判一直拖延下去，奥国认为一旦拿破仑在西班牙有新的失败，他们就会有个谈判的好机会，所以他们在等待时机。而拿破仑呢？尽管他希望尽快缔结和约，以便把全部力量指向西班牙和英国，但他不能轻易放过奥地利，他要给他的帝国树立威信，要让整个德意志对他俯首贴耳。因此，不管奥国怎样恳求，或施展诡计，都无济于事。谈判的结局似乎一天比一天远，然而，一件意想不到的事情的发生促使了这个条约的尽快签订。

    拿破仑每天