为什么当他的同时代人仍然相信设计和人类独特的精神地位时，他却能够发展出这样一种彻底的唯物主义？他家的激进传统可能有一定的帮助，自从伊拉斯谟起，达尔文家族就怀疑正统的宗教。最近的研究已经识别出他广泛阅读中到底是什么思想促使他与设计的观点一刀两断。曼尼尔（Manier，1978）注意到，达尔文的自然观与华兹华斯在诗歌中以略微浪漫的情绪所表达的悲观中的相似之处。在关键的时刻，他的解决方法可以因为接触到实证主义哲学家奥古斯特·孔德的观点而得到加强（Manier，1978；Schweber，1977）。孔德提出，科学只有放弃神学才能达到其最高状态，而且只有从可以观察的原因的角度理解宇宙。尽管达尔文是通过戴维·布儒斯特批评式的评论了解了孔德的哲学，但是这非常有助于他与设计的观点决裂。

    吉利斯皮（Gillespie，1979）和格林（Greene，1981）对于达尔文的宗教观作出了另外的解释。根据他们的看法，达尔文并没有放弃设计的观点，而是认为造物主以不太直接明显的方式起作用。他所提到的自然法则通过进化而实现更高的目的，是他信念的真实表达，即尽管表面上粗糙，但是自然选择作用的目的是为了所有生物的利益。经过很长时间，就会带来适应，甚至进步，造物主的意愿就会实现。奥斯波万特（Ospovat，1979，1981）甚至提出，在达尔文的早期设想中，选择机制的意图显然是要导致“完美”的适应状态，按照这种设想，除非有新的环境变化发生，否则无需进一步的斗争。有些学者已经注意到，达尔文使用过一个“存在”的类比，这个存在控制着自然选择的作用（Young，1971a；Manier，1978）。这个存在代替了人工选择中的人类驯养者，而且由于使用了这个词，达尔文促使我们认为上帝真是被自然选择取代了。这样人们太容易将自然视为有意识的选择动因，因此视为是神的意图的目的。在他最烦恼的时刻，达尔文当然认识到这只是利用拟人神的方式来描述斗争的效果，然而他之所以决定使用这种类比，可能反映了他不能摆脱设计论点的影响。

    无论我们对这个问题怎么看，重要的是要注意到到了19世纪30年代后期，达尔文已经放弃了自然神学的解释，而当时他的多数同代人还接受着这种解释。即使他相信过选择可以与设计的观点协调，他的机械论解释也意味着不再需要使用造物主的干涉来作为一种解释工具了。无论你是否相信上帝一直在注视着万物，自然选择都会起作用，因为自然选择只依赖于每天的作用，它是一种自然决定论的法则。事实上，去发现说明这种特性的理论，成了达尔文从事研究的驱动力。在他研究的早期阶段，他就决定要将物种起源问题当作纯粹的科学问题，这样在回答这个问题时就可以不直接援引上帝的控制。这项研究之所以使他最后发现了自然选择，是由于他力图找到科学界可以接受的解决这个问题的理论。虽然这种观点在今天看起来像是赖尔的均一论方法向生物界的自然扩展，但是赖尔本人却非常不愿意这样做。的确，当时多数博物学家都相信存在某种形式的高级力量曾经干涉自然的正常运作，并导致新物种的产生，他们将这种现象置于科学研究的领域之外。

    仔细看一下达尔文的发现，人们就会认识到，他实际上已经意识到必须遵循看起来是完全科学的研究方法。主要因为他将科学拓展到他的同代人认为不属于科学的领域，因此他决定要基于一种坚实的方法论，以便尽量化解可能遭受批评的风险。他后来之所以强调他的工作建立在事实收集基础之上，就是要表明他不仅仅是一个猜想家，不是那种不依靠坚实的事实基础匆忙得出零乱理论的人。当时科学方法的争论使人们清楚地认识到理论在科学中的作用，而鲁