在1587年曾经因为礼部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用佛经，但是在1599年，即李贽被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学士，他正在精研“道藏”和“佛藏”。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李贽，毕竟不能算做理直气壮。

    但是另一方面，李贽之所以罪有应得，则在于张问达的奏疏具有煽动的力量，而他使用的“罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。

    从各种有关的文字记载来看，李贽在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回籍了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。

    一天，李贽要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自刎，但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李贽作了一次简单的对话。当时李贽已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：

    问：“和尚痛否？”

    答：“不痛。”

    问：“和尚何自割？”

    答：“七十老翁何所求！”

    据说，袁中道的记载，在自刎两天以后，李贽才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李贽“不食而死”。

    从个人的角度来讲，李贽的不幸，在于他活的时间太长。如果他在1587年即万历十五年，也就是在他剃度为僧的前一年离开人世，四百年以后，很少再会有人知道还有一个姚安知府名叫李贽，一名李载贽，字宏父，号卓吾，别号百泉居士，又被人尊称为李温陵者其事其人。在历史上默默无闻，在自身则可以省却了多少苦恼。李贽生命中的最后两天，是在和创伤血污的挣扎中度过的。这也许可以看成是他15年余生的一个缩影。他挣扎，奋斗，却并没有得到实际的成果。虽然他的《焚书》和《藏书》一印再印，然而作者意在把这些书作为经筵的讲章，取士的标准，则无疑是一个永远的幻梦。

    我们再三考虑，则又觉得当日李贽的不幸，又未必不是今天研究者的幸运。他给我们留下了一份详尽的记录，使我们有机会充分地了解当时思想界的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱熹和王阳明的是非长短，由于李贽的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李贽的著作，使我们得到从另一个角度观察的机会。

    当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。1587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。

    因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。