颇为不满，说道：“共产党的自我检查，很有点像基督教、天主教的忏悔，如果让清华的教授也这样做，可能有好些人会自杀。”叶的言论，不幸在几年后竟成谶语。

    1950年，朝鲜战争爆发后，叶企孙认为这是“美国的一种战略考虑，是针对苏联极权主义阴谋的”战争，并且断言“战争永不会消除，帝国主义消灭后，共产党内部又要打了，南斯拉夫就是一例”。又说：“共产党的报纸太刻薄，如‘美国娼妓’等这些用词是不应该写的。”与此同时，他针对冯友兰发表的《美国法西斯化》一文，批评冯是政治投机分子，并指责冯“写得太过分了”。随着1951年秋展开的“思想改造运动”以及对胡适思想批判运动，作为清华大学名义上最高领导人的叶企孙，其表现令当局“大为失望”。他不但不按当局的意图改造自己的思想和大骂胡适、傅斯年等“反动文人”，还不知趣地在师生中间倡导“高校教学与科研要自由、民主”等与时兴的“阶级斗争”、“集体主义”等政治口号相对立的思想。当中国科学院院长、副院长名单发表后，叶企孙对他的一位同事说：“陈伯达当副院长，表明共产党对科学院的工作是要管的。”在他的思想意识里，学术是独立的，不应掺杂党派成分。与此同时，叶还不知轻重地提倡“凡事都要独立思考”一番，并谓对学术如此，对政治问题也是如此等等。

    叶企孙的言论和表现终于激怒了当局，中共高层下令发动清华师生对其展开“狂风暴雨式的批评”。

    叶一看势头不对，略有省悟，被迫在大会上作“深刻检讨”。在“精神洗澡”中获得顿悟的一批清华“进步”师生，以“深厚的无产阶级感情”，纷纷指责叶是“以资产阶级观点办清华，是继承梅贻琦的腐朽传统和遗毒”。在一片喊打声中，叶企孙被赶下台来。

    就在批叶的同时，由于中共主张学习苏联的教育模式，教育部开始对全国高校进行大调整。1952年6月27日，京津高等学校院系调整清华大学筹备委员会成立，刘仙洲任主任委员，钱伟长、陈士骅任副主任委员。原出身机械科的工学院教授刘仙洲荣登大位后，第一件事就是勒令叶企孙“应向教育部自请处分”。

    已经倒台的叶企孙在三番五次检讨之后，最后由“组织”出面作了结论性的调子：“他现在已在清华失去了威信。故拟不再采取群众大会方式对之进行批评，打算找一些人帮助他一下，如没有什么变化，就拖着尾巴过关，以后再耐心地在长期中给以教育……”这个结论，实际上是一个不动声色、暗含杀机的隐语。自此之后，叶企孙踏上了一条危急四伏、命悬一线的孤独之旅。

    1952年10月，院校调整基本完成。根据教育部指令，天津南开大学由私立改为国立，属教育部直属院校。由美帝国主义庚款起家的清华大学，自然属于重点调整与“清算”的对象，为减少美帝在清华留下的印痕和毒素，清华大学被五马分尸，从整体上被肢解和“清算”，其文学院、法学院、理学院三个学院被割掉，并入北大，清华得到的只是北大一个小小的工学院。清华只能作为一个工科大学，于风雨飘摇中单腿独立，啸傲寒秋，孤独地存活下来。而作为“五四运动”策源地和“革命摇篮”的北大，则成为最大的受益者，不仅兼并了清华的三个学院，还兼并了赫赫有名的燕京大学的校产与全部教职员工与学生。自此，北京大学陆续撤出城中心以沙滩红楼为主要根据地的一、二、三院，尽数迁到城郊海淀镇原燕京大学校园开课，与清华大学成为间隔一条马路的近邻。据说20世纪80年代末，一位国际知名的华裔学者，因慕蔡元培、傅斯年等前辈的大名，曾专门前往坐落在海淀镇的北京大学凭吊“五四摇篮”，一时传为笑谈（南按：从这则笑话可看出，为何原燕京大学与原北京大学闹校产纠纷，官司一直打到21世纪都未