批判李秀成运动方兴未艾，波及社会各阶层的“四清”又成燎原之势。这场自1962年底开始的、由中国农村逐步推开的政治运动，最初的口号是“清工分，清账目，清财物，清仓库”，后来扩大为“大四清”，即“清查历史、清查思想、清查政治、清查经济”运动。又名“社会主义教育运动”。在清查中，斗争对象由农村和城市的贪污腐败分子，逐渐出现带有个人恩怨和严重政治倾向的阶级斗争，重点集训、戴钢盔、立罚规、搜查、批斗、群殴等现象开始大规模出现——这是全面混乱的十年“文革”的前奏。

    在这一声势浩大的运动中，曾在学术界红极一时，不可一世的红色巨头杨献珍、孙冶方、翦伯赞、罗尔纲等辈，遭到公开点名并被当权得势者提着脖子拎出来大加批判。曾昭燏虽在此前的几场运动中侥幸躲了过去，但当运动来临时，感到了一种更加剧烈的痛苦、迷惘与恐惧。按照“四查”的行动原则，曾照燏除了自信经济上无问题可查，“历史问题”则无话可说。曾氏家族被定为“反革命历史家庭”已是铁板钉钉，且这个钉子还是拐了弯的铁案。而在思想、政治上，曾氏始终认为这是悬在自己头上的一把利剑，时刻有落下并刺向自己头颅的可能，必须拼尽全力来应付这场对自己凶多吉少的风浪。此时曾昭燏的身体已大不如前，明显消瘦无力，无精打采。这年3月，曾昭燏在巨大的压力下导致精神崩溃，患上了忧郁症，不得不入住南京丁山疗养院接受医治。

    1964年12月初，第三届全国人民代表大会即将召开，当曾昭燏躺在病床上收到烫金的代表证书时，先是目光呆滞，毫无表情，而后潸然泪下。送证书者一看对方精神状态处于崩溃的边缘，遂好言相慰，令其放下一切思想包袱与生活烦忧，勇敢、理性、热情地投入伟大的“四清”运动中来，展开双臂拥抱火热的社会主义新生活云云。面对风雨共济几十年的老同事那充满善意和真诚的目光，曾昭燏凄然地说：“别再宽慰吧，我不行了！”

    此时曾昭燏的心境如同曾国藩晚年“心力交瘁，但求速死”的诅咒，她心如死灰，感到活着已了无生趣，对生命的最后一点留恋随风飘散。十几天之后的12月22日，曾昭燏主动提出要用南京博物院的小轿车送为她治疗的医生回家。当送回医生后，她对司机淡淡地说：“去灵谷寺吧，我想散散心。”司机会意，驾车向灵谷寺驶去。

    灵谷寺位于南京中山陵东，最早修建在紫金山独龙阜，是紫金山风景最胜之区，原名开善寺，乃南朝梁天监十三年（514）梁武帝萧衍为葬其师宝志和尚所建。寺内葬有名僧宝志和尚遗骨，造有志公塔，唐代更名宝公禅院，南唐改称开善道场，北宋称太平兴国寺，明初改名蒋山寺。明洪武十四年（1318），明太祖朱元璋决定在独龙阜建明孝陵，遂将寺与塔迁移于后来的中山陵附近，并改名灵谷寺。当时的灵谷寺规模庞大，占地500余亩，山门上书“天下第一禅林”，后寺院毁于兵燹，仅存无梁殿。清同治六年（1867）两江总督曾国藩在原址上修建“龙王庙”，成为民众祈雨之地。1931年，国民政府在原寺址始建国民革命军阵亡将士公墓，1935年建成，在公墓的中央安葬了1932年“一·二八”淞沪抗战中阵亡的128名将士的遗骸，其中有威名赫赫的十九路军70名，第五军与宪兵团58人，这些名字作为中国国民党军人顽强精神的象征，受到社会各界的瞻仰纪念。新中国成立后，此处改名为灵谷公园，但习惯上仍称灵谷寺。寺内有一标志性景点灵谷塔，塔高66米，九层八面，底层直径14米，顶层直径9米，为花岗石和钢筋混凝土混合结构。1933年建成，当时称阵亡将士纪念塔，俗称九层塔。塔内有螺旋式台阶绕中心石柱而上，计252级，每层均以蓝色琉璃瓦披檐，塔外是一圈走廊，廊沿有石栏围护，供游人