朱家骅由大陆流亡台湾，由于派系倾轧，加之与大权在握、日见走红的台湾省主席陈诚不和，朱氏渐渐失去了蒋的信任，原来担负的行政院副院长等要职被革掉，只保留了“中央研究院”代院长一职。而此时所谓的“中央研究院”只有史语所与数学所一部分迁到台湾，基本属于一个有名无实的空架子，如同一只被拔掉毛的老母鸡，徒有其形——且是一个不怎么光鲜明亮的外形而已。1954年前后，位于南港的“中央研究院”院址具初步规划时，朱家骅有扩院建所的打算，并于史语所以外寻找其他人文研究所成立的可能，最先被考虑的是近代史研究所与民族学研究所两机构的组建。之所以如此考虑，一方面，鉴于国民党政权迁台不久，对民国成立以来的种种盘根错节、迷乱纷呈的历史转变因素的认识和理清，颇有紧迫感和反思指导意义；另一方面，国民党政权既以台湾为盘据点，就不能做水中浮萍和无根之花，必须对台湾本地的种种现象有所探究，否则，很容易在不经意间于政治等各方面栽跟头、吃大亏，甚至被当地台独势力挤垮，失掉政权，难以立足。因了这两项重要原因和紧迫的现实问题，1955年，两个研究所的筹备计划顺利得到当局批准并得以开办。

    当两个新办的研究所如同新生婴儿般，在动荡不安的台湾孤岛上晃晃悠悠站立起来时，学政两界人心振奋。于是，一系列的物理所、化学所、植物所等研究所相继组建，其风头之强悍，完全可与抗战前蔡元培主持工作时的锐势匹敌。正在这个由衰转盛的关键时刻，接到了胡适要买地盖房的消息。朱家骅同样不敢隐瞒和擅自做主，便直接向蒋介石禀报。蒋闻讯，当场表示在“中央研究院”旁拨一块地为胡氏置地建房，所需费用由自己的稿费中开销，以示对胡的照顾与敬重。此谕一下，搞得朱家骅和李济都有些尴尬，但又不能推辞。在美国的胡适闻讯甚感不安，认为自己受主公之重托出来“看看”，结果什么也没看到，无尺寸之功则要受赂，实感愧疚，便写信明确表示不能接受介公如此盛情厚意，坚持要自己出钱购置地皮。就在双方为几间房子或真或假地你来我往拖拍之时，针对朱家骅的一件祸事发生了。

    据石璋如回忆：“四十六年（1957年）夏天，由于天气炎热，又没有外人。尤其在星期六快下班和星期天的时候，同仁常穿着拖鞋、汗衫上班。在八月四日星期六，是个闷热的阴天，下午五点多蒋总统突然偕蒋夫人、带着随扈来到院里，大概是要找朱家骅院长的麻烦。蒋一行人抵院时，院方已经下班了，多处门房深锁，卫队直接到所上，就碰到还没回家的严耕望先生。严先生先请一行人至会议室暂坐，随即来找我告知此事。我才刚到家脱下衣服，马上穿回衣服出来。我到所时只见到蒋总统一行人已出所的背影，无法对他们有所招待，谁知道这样就出错了。‘中央研究院’有固定的上班时间，‘蒋总统’来所时已属下班时间，不能说‘中央研究院’偷懒不上班。后来不知道有谁说了什么话，朱家骅院长就在十一月辞职。”

    朱家骅突遭横祸，庙堂与坊间滋生了许多说法，但没有一件能摆到桌面上的铁证。有人说，在1948至1949年国民党大势已去的重要历史转折关头，李宗仁、白崇禧等桂系军阀联合阎锡山辈趁机拥兵自重，逼蒋介石下野。蒋于万般无奈中只得屈从，由李宗仁代总统。蒋回到老家浙江奉化溪口暂时隐居后，李、白等军阀集团开始拉阎锡山、朱家骅、王世杰、张治中、吴铁城等各色官僚合作，并以“卧榻之侧，岂容他人鼾睡”的霸王姿态，逼蒋出洋流亡，永远在中国地盘上消失。蒋于1949年3月3日接到张治中亲自上门敦促其出国的要求，甚感悲愤，勃然大怒曰：“他们（南按：李宗仁、白崇禧）逼我下野是可以的，要逼我亡命就不行！下野后我就是个普通国民，哪里都可以自由居住，何况是在我的家