人更清楚，造成这种局面的罪魁，其实是他自己。那恶名远播的“采榷”，那不理朝政的做法，都无一例外地自蹈死地，将大明王朝推入风雨飘摇之中。

    然而，更为直接的威胁，却来自神宗最初一无所知、直到万历四十四年始觉骇然的北都边陲。这一年，早就窥视大明江山的努尔哈赤，在统一了大部分女真族部落之后，于赫图阿拉称汗，国号大金，年号天命，历史上称为后金。他本人被贝勒、大臣们尊为“覆育列国英明皇帝”。从此，脱离过去与明朝的隶属关系，公开与其为敌。万历四十六年四月，努尔哈赤以杀祖杀父之仇等“七大恨”告天，誓师伐明。

    这一年的春天与以往没什么两样，御花园里照旧桃红柳绿。庸懒倦怠的神宗，仍然不觉大祸将至，对边将和兵部、吏部的告急不予理睬。四月二十一日，抚顺被努尔哈赤攻克，守城将士战死上万人，告急的羽书，一天数十次地传来，神宗这才着了慌，并下决心要与努尔哈赤决一死战。第二年二月，神宗命兵部调集了近9万人的兵力，连同1万多朝鲜兵，约计10余万人，号称47万大军，由辽东经略杨镐指挥，企图将后金一举歼灭。然而户部却疏告兵饷缺300万两银子，请求从大内存银中调拨。当时的大内银库，每年增加金花银120万两，所以内币十分充足。但是，神宗向来都是视内库为私库的，自己掏钱用来给国家去打仗，这在一个小商人看来实在是太划不来了，所以他坚决不同意。无奈，户部只好自己去东拼西凑。而真正令人啼笑皆非的是，虽然请求拨款百呼不应，但建议加派却朝奏夕可。万历四十六年八月，户部尚书李汝华疏请增加赋税，九月，神宗就下令追加天下田赋，每亩加征银3.5厘。第二年十二月，以大军反击，急需军饷为由，又决定每亩再增征3.5厘。到了万历四十八年三月，竟决定再次追加，每亩增征银2厘。这样，三年三增，因此成为岁额，累计每亩净增已达9厘，年田赋增征总额为520万余两。许多农民因此被夺去土地，流离失所，怨声载道，终于导致后院起火，山东、河南等地农民暴动接连不断。

    万历四十七年二月底，明军终于调集到辽东前线，然后兵分四路合围努尔哈赤主力。努尔哈赤采用诱敌深入，凭尔几路来我只一路去的方针，集中优势兵力，只几个回合下来，打得明军损兵4.6万余人，折将300余员，被迫撤出辽东。这就是历史上著名的“萨尔浒之战”。萨尔浒战役后，后金与明王朝的力量对比发生了重大变化，后金的军事力量大大增强，由战略防御转入战略进攻。当年，后金兵又攻取开原、铁岭等地。10万铁蹄踏过辽东大地，直逼大明王朝的莽莽边墙。

    神宗被深深地震动了。萨尔浒的失利，将亡国的威胁明白无误地推到了神宗面前，他感到从未有过的困顿和凄凉。不久，就染上病症。拖了一年多，到万历四十八年（公元1620年）七月，神宗的病情突然加重，半个多月不思饮食。他深知将一病不起，便召英国公张惟贤、大学士方从哲和各部尚书等人到弘德殿，托付他们勤于职守，辅佐常洛。二十一日，神宗以58岁未老之身，一命归天。此后不久，被召诸臣出示万历遗诏，大意是说：“因为有病。朕多年来只顾静养，很少赴郊庙早朝，奏疏多为留中，官员缺了不补，加上矿税繁兴，征调四出，搞得民生艰难、内外交困，日思夜想，不胜追悔，刚想改革，却一病不起，只好有赖后人了，皇太子常洛可嗣皇帝位。”然而，这一切无论是死后钓誉，还是真心感悟，都为时太晚了。明王朝已经衰朽到无以复加的地步。万历身后仅第7年（熹宗天启七年，公元1627年），陕西灾民暴动，揭开了明末全国农民大起义的序幕。