但心是好的，请陛下宽恕他吧。”世宗这时也不愿意多杀谏臣，命徐阶将海瑞下到诏狱，虽不治罪，但也不准放出，让其在狱中反省自责。世宗一生毫不留情地惩治了许多大臣，其中既有奸臣，也有孤直之士，对海瑞的惩罚，是他晚年在用人上犯下的最后一个大错误。

    世宗服食的丹药，有不少是用水银制成的剧毒品，吃下去之后，造成的后果十分可怕。世宗的身体本来就不健康，长期的慢性中毒，使他四肢麻木，脸上呈暗灰色，走路摇摇晃晃，说话也变得相当困难。大臣们见到他，莫不从内心替他感到担忧，特别是徐阶。为了让方士们有所收敛，徐阶杀掉了自称要向世宗献剧毒丹药的方士蓝田玉，并力劝世宗不要服食水银。世宗对徐阶没有责备，但也没听徐阶的苦劝。嘉靖四十四年正月，陕西方士王金等人伪造了《诸品仙方》、《养老新书》与炮制的金石药一起献给世宗。这些药成份不明，世宗吃下之后，顿时感到头晕目眩，鼻孔中流出鲜血，很快就不省人事了。经太医的救治，世宗才苏醒过来。此后，他一直卧床不起。嘉靖四十五年十二月十四日清晨，世宗突然变得精神饱满，周身不再觉得疼痛。日夜守候在他身边的徐阶感到大事不好，连忙下令将他从西苑搬出，抬回乾清官。没有多久，世宗就咽了气，时年60岁。

    世宗的陵墓称永陵，跟他前面的几个明代皇帝一样，选在北京昌平县的天寿山，庙号为“世宗”。