穆在苏州娶继配张一贯。张一贯也是一个有文化的人，曾做过小学校长。婚后第二年，钱穆只身到燕大任教，等北大工作稳定后才接妻子到北平团聚。华北告急，钱穆只身随北大南迁，1939年夏钱穆回苏州侍母时，张一贯才携子女自北平回到苏州团聚。一年后钱穆又只身返校，从此辗转大后方各地。他是有名的只顾学问不顾家的人，一心治学，与家人聚少离多。钱穆与继配生有三子一女。1949年他只身赴港，从此再也没有回到大陆。

    钱穆一生中，对他帮助最大并与他长期相守的是他的第三任妻子胡美琦。胡是他在新亚的学生，两人的婚姻可以算是师生恋。

    胡美琦是江西人，父亲曾做过江西省主席熊式辉的秘书长。解放前夕，胡美琦从厦大肄业后随全家迁香港，就读新亚学院。仅做了一年钱穆的学生，就随全家迁台湾。

    两人的姻缘很有传奇色彩。1951年冬，钱穆到台湾为新亚募捐，一次应约在淡江大学惊声堂演讲，演讲刚刚结束，突然新建成的礼堂的顶部发生坍塌，一块水泥正巧砸在钱穆的头上，钱穆被砸得头破血流，当场昏倒，在医院里昏迷了两三天才醒来。当时胡美琦在台中师范图书馆工作，因为与钱有师生关系，每天下午图书馆工作结束便来护侍，晚饭后离开，星期天则陪他到公园散步。随着相互了解的加深，两人渐生感情。1954年师范大学毕业后，胡美琦重回香港，两人经常相见。一次胡美琦胃病复发，久治不愈，为了便于照顾，钱穆向她求婚，胡美琦答应了。1956年1月30日，两人在九龙亚皆老街更生俱乐部举行简单的婚礼。新婚洞房是在九龙钻石山一个贫民窟租的一套两室一厅。虽然条件简陋，钱穆却十分高兴，亲自撰写了一副对联：“劲草不为风偃去，枯桐欣有凤来仪。”