1969年，党中央正式决定进行一次地下核试验，并任命王淦昌为此次核试验的总指挥。同以往核试验一样，当中央的重大决策下定，所有相关的制造与参加试验的数百家工厂、数十家研究单位、数万人将要投入紧张的运转。

    可是人呢？人都到哪儿去了？王淦昌从北京飞抵罗布泊时，昔日人声鼎沸的战场，怎么就见不着几个人了？

    “老院长您总算来了，我们的人都被拉去开批判会了，这儿已有一两个月没正经搞生产了！”有人走过来悄悄告诉王淦昌。

    一两个月没工作？这还是不是核试验基地了？王淦昌心头之怒不由直冲脑门。他找到上面派来“支左”的头目、人称“恶二赵”的两个人（两人后被镇压），责问道：“中央的命令可以不执行吗？”“恶二赵”见中央有文，自知不好正面与王淦昌较量，便悄悄避到一边去。然而没有人干活怎么行呢？地下核试验可不是往地里种萝卜，缺一个方面的人马，就会使整个系统无法正常开展工作。身为地下核试验的总指挥，王淦昌心急如焚。他又一次找到“军管会”头目“恶二赵”，要他们赶快停止把大队人马整天拉出去搞运动。

    “那怎么行！伟大领袖毛主席亲自发动的‘文化大革命’，本身就是一场史无前例的革命群众运动，广大群众不参加还叫什么运动，谁都别想破坏这场伟大运动的开展！”“恶二赵”气势汹汹，根本没把王淦昌这个“总指挥”放在眼里。王淦昌是个忠于职守的人，想不到碰了如此一鼻子灰！当天，他用机密电话向北京汇报了基地的情况。

    “胡闹！地下核试验是毛主席、党中央作出的决定，怎么能耽误呢？一定要恢复生产和科研工作，该上班的同志都得回到第一线！这是中央的命令，必须执行！”周恩来得知后，直接向基地打来电话。

    “恶二赵”无可奈何地硬着头皮开会传达，然而基地的广大干部群众和指战员恨透了这两个人，没有人理他们。这一下，“恶二赵”反倒紧张起来了。他们明白，“文革”重要，可核试验也不是件小事，每次核试验执行的都是铁的纪律和铁的命令，跟打仗没有两样，谁真要耽误了，或者在试验过程中出了什么事故，那可是天塌下来的事，谁顶得住呀？“恶二赵”只得极不情愿地张罗人开工，但已经陷入混乱的基地竟然到了想动也动不了的地步。

    无奈，“恶二赵”找到了王淦昌：“王总，这可怎么好，找不到人上班呀！我们是下了很大工夫的，可还是不见效，是不是由你向中央把这里的情况汇报汇报？”王淦昌不傻，知道对方想把皮球踢到他这边来。思忖片刻，他说：“既然这样，就用我这张老脸去做做工作吧。在中央对地下核试验定下的时间内，我们一定要按时完成，否则就是对不起毛主席。你们说呢？”危难之际，王淦昌心头比谁都着急。其实基地广大干部群众、科技人员和指战员都很关心地下核试验，只是大家恨透了“恶二赵”破坏生产和整人的那一套，一些胆小的人甚至惧怕他们的疯狂行径，所以宁可少找点麻烦，让“造反”就去“造反”，让参加“批判会”就去参加“批判会”，啥生产啥试验，才不管呢！面对如此一盘散沙，王淦昌怎能不急？

    “同志们，我们干的这个事业与西方世界有一大段距离，不能再耽误了呀！大家应该清楚，科学试验花的时间是很多的，我们本来就有很多事情要做，再因为运动和整天开会，生产和科研就没有了保障，这就完不成中央交给我们的任务了！”

    “地下核试验意义重大，它可以丰富我们过去的地面和空中试验，能掌握许多新的数据。所以大家一定要抓紧时间，全力投入工作，以最快的速度通过地下试验这一关！”王淦昌一个科研室、一个生产车间地跑，一遍又一遍地跟大家讲道理。当时的科研人员连看业务书都被禁止了，只能在自己的家里