琏赶到金门，和汤恩伯及汤的日本顾问根本博（曾是侵华战犯）一起到前线督战。当天中午，蒋经国奉蒋介石之命乘专机飞到金门督战。蒋经国在当天的日记中述及——

    十一时半到达金门上空，俯瞰全岛，触目凄凉。降落后，乘吉普车迳赴汤恩伯总司令部，沿途都是伤兵、俘虏和搬运东西的士兵。复至最前线，在炮火中慰问官兵，遍地尸体，血肉模糊。看他们在极艰苦的环境中英勇作战，极受感动。

    在蒋经国来时，解放军还在坚强抵抗。由于国民党军步兵对古宁头久攻不克，胡琏、汤恩伯就要求台湾加派飞机，对村中房舍猛烈轰炸，再用火箭筒和坦克炮抵近逐个轰击。经国民党军三个师的部队反复冲击，激战至天黑，只有几百名解放军据守的古宁头这个小村落仍没有被攻下来。

    二十六日晚间，据守古宁头的解放军经两昼夜苦战，已经难以支持。登陆所携带的弹药早已耗尽，缴获及从战场敌军尸体上搜集的弹药已基本打光。干粮已吃完，多数人是忍饥苦战。入夜后，孙玉秀用报话机向军指挥所报告，登陆部队十个营已伤亡五千多人，准备分成几股突围上山打游击，活着的一千二百名指战员一定尽最大的努力，完成自己的职责。二十六日午夜，古宁头的解放军剩余部队乘夜突围，先向北突至海边，没有找到船只，又向东南突围进入山区。

    二十七日上午，金门岛西北方向枪炮声仍不绝于耳。解放军剩下没有突围的少数人还坚守在古宁头以北的地堡之中，并有部分人员在古宁头村内据屋抵抗。国民党军只得逐屋搜索攻击，才解决了战斗。随后，国民党军又向古宁头附近的北山海边发起攻击，军舰也绕到古宁头北面的海上，用舰炮向地面炮火射击不到的死角轰击。在海陆夹攻下，在海边的一些有武器的解放军伤员战斗到最后牺牲，大部分伤员被俘。至二十七日上午十时，历时两天半的金门战斗基本结束。

    从古宁头突围到岛东南山区的解放军剩余部队，因岛小地窄，在几万国民党军的搜索下难于回旋与隐蔽。据后来得到的消息证实，第二四六团团长孙玉秀在沙头附近被包围，决心不当俘虏而自杀牺牲。第二四四团团长邢永生因重伤在东山沟被包围，被俘后牺牲。第二五一团团长刘天祥牺牲后，政委田志春率五十多人打游击，因弹尽粮绝被俘。第二五三团政委陈立华在打游击中牺牲。第二五三团团长徐博，在太武山的山洞中藏了一个多月，靠夜间出来到农田里挖蕃薯维生。国民党军金门战场指挥高魁元，在俘虏中查不到徐博的活人，也遗岛寻不见死尸。高魁元不相信徐博会泅水逃回大陆，乃派兵反复搜山才将他找到。

    华东野战军兵败金门，共损失两批登岛部队三个团零四个连。据一九八七年七月出版的《中国人民解放军战史》（军事科学院军事历史研究部编著）核定，解放军损失九千零八十六人（其中包括船工民夫三百五十人）。

    台湾国民党官方对金门作战战果的报导，说法多种，一时一样，且自相矛盾。《中央日报》开始声称消灭对方“五个团，共一万四千多人”，甚至胡吹俘虏中有“师长、军长等高级军官”。不久，台湾官方报道又加水升温，称“消灭了七至八个团，两万多人”。还是亲身指挥作战的胡琏、高魁元稍为客观一点，说金门作战只消灭对方“一万余精锐之众”，并说对方登陆部队中根本没有师以上的干部。至于国民党军在金门战斗中的伤亡数字，至今尚未见公布，只是有些报道承认伤亡重大。倒是从蒋经国当年十月二十六日的日记中透露出国民党军是伤亡惨重的。后来据解放军得到的消息，胡琏向蒋介石报告：国民党军伤亡总计九千余人。

    金门战后，台北国民党官方连续几天大张旗鼓地为这次“辉煌胜利”搞“祝捷活动”。此后几乎年年十月下旬都要“隆重庆祝”。后来，蒋介石还让中国电影公