明末三案之所由发生，追本溯源，实由于明神宗万历帝在立储问题上犹豫不决，因而引起了宫廷内外发生了很多问题，以致造成三案，扰乱纠结，时达三朝之久。

    万历的大婚，是于万历六年（1578），他年及十六岁时来举行的。他的皇后姓王，原籍是浙江余姚，但人却生长在北京。这位皇后知书习礼，淑静端庄，很得万历的生母李太后的喜爱，但万历和她却并不相投，对她一直很是冷淡，加之她又从来没有生育过儿女，所以虽说是正位中宫，其实却很被漠视，她之所以未被废弃，实在全靠着李太后的庇护。与皇后同日册封的，还有个刘昭妃，这个人也并不为万历所喜，而且与皇后一样，她也没有生育过子女。最先给万历生下他的皇长子来的，是宫女出身的王恭妃。这个王恭妃，原是在慈宁宫服侍李太后的一个宫女，在万历到慈宁宫向他的生母请安时，无意间得幸，并且怀上了孩子。万历在和王恭妃发生了关系之后，早已忘记了这事，但李太后却在暗中极为注意，在这个还没有任何名号的宫女已经显出身怀有孕时，便把万历叫来，要他承认这事，并给这怀有子息的宫女以相当的名号。万历最初矢口否认和这个宫女有过什么瓜葛，最后太后命人从敬事房取了起居注来，把上面的记载指给他看时，万历才无言答对，承认了他和这个宫女确曾有过关系。原来宫廷之中对于皇帝曾临幸过某人某人，是否赐过什么信物等等都是极注意的，但凡有过此类事件，无论对方系属何人，自皇后、妃嫔以至宫女，都要把时间地点等等详细记载入起居注中，以备日后被幸者有身之时，可以查对。万历在慈宁宫里和这个宫女发生了关系，在他虽然觉得是极其偶然的事，以为不会有人知道，但实际却已全被记入起居注中，使他想赖也赖不掉。李太后从万历矢口否认这一点上，已经有点感到万历对这个已经怀有他的孩子的宫女并不怎么重视，因此特意开导他道：“她怀上了孩子，这是天大的好事，我早就盼着能有个孙子了。她如果真能生下个皇子，也就有了皇位的继承人。你不要以为她是个宫女，不够体面，其实‘母以子贵’，你可以加封她呀。”万历被李太后说着，只好一切照办，先把那个宫女封为才人，后来真生下了皇长子，于是又得晋位，由才人又封为恭妃。

    以封建礼法而言，皇位的继承人，首先应是嫡子。所谓嫡子，便是由皇后所生的皇子。如果皇后无出，没能生下孩子，则就又有“无嫡立长”这么一项规定。万历的这个皇长子，恰好处于皇后无出的情况之下，所以他的出生，自太后以至诸臣，便已都认定了他应是法定的皇位继承人，对之极为看重。

    在皇长子朱常洛出生后的最初几年里，他的地位是极稳定的，虽然不久又有个皇次子，也与他并无影响。这个皇次子只活了一岁的样子就夭亡了，对他自然更说不上会有什么威胁。但是，他的这个稳固的地位，到了万历十四年，皇三子朱常洵出生后，却发生了动摇。

    这个皇三子朱常洵的生母，是最受万历宠爱的郑贵妃，由于“爱屋及乌”，万历对这个皇三子也极为看重，不但为他大办喜筵，远远超过了为皇长子或皇次子所办的，并且还要把郑贵妃晋封为皇贵妃。原来这个郑贵妃在万历所有的妃嫔中长得最好，又最能迎合他的心意，所以入宫之后便后来居上，被封为贵妃，位分在已生有皇长子的王恭妃之上。这种情况，从王恭妃方面来说，倒也没有什么不平之处，她出身低微，久受抑压，即便更为屈辱，也不敢有什么表示。但习于正统礼法的众多朝臣，对此却极为不然，他们认为，社会之能井然有序，全靠着历代相传的礼法加以维持，皇室居位最高，为天下人所仰视，对于各种礼法尤应特别遵奉。按照礼法，母以子贵，生有皇长子的王恭妃，地位仅能略次于皇后，其他妃嫔，没有一个可以位居其上的。郑贵妃入宫见宠，并非盛世应有之事