此逼迫，结果很难预料。他在写给北京的家书中说，四川官吏“纷纷请开缺”，为“急流勇退之计”，自己最好也是“卸肩”为妙，“支吾一天是一天”。他甚至从纷乱的保路运动中看到了打着“宪政”旗号的危险，警告北京家人在10月份资政院开会时“万不可前去旁听，尤恐暴动”。事实证明，这位满洲将军有着比同侪更为灵敏的嗅觉，并适时地采取了规避措施，从而在四川的风云突变中，不仅全身而退，而且还保住成都满城内数万旗人的生命财产安全。

    作为将军，玉崑能够“支吾一天是一天”；作为代理总督，王人文也能“支吾一天是一天”；但作为总督，赵尔丰就没有选择了。8月3日，他与王人文正式办理交接。王人文交印后，立即致电朝廷，解释自己的艰难处境，“既不能不为国家贯彻政策，又敢不为朝廷固结人心”，也表功道：“仰托朝廷威德，地方安静，并未别滋意外事端。”朝廷同意他请病假十五天，他虽然还待在成都，但几乎是迅速地从公众视野中消失，远离是非窝。

    赵尔丰与川路公司渊源很深。

    1903年，他跟从锡良调任四川，第一个职务就是川汉铁路督办。赵尔丰与锡良关系很密切，他是汉军正蓝旗人，祖籍山东蓬莱，三十岁时步入官场，一直在山西为官，先后担任静乐、永济、洪洞县知县。戊戌政变那年（1898年），在时任山西按察使的锡良保荐下，出任河东河道监事同知。1900年义和团运动爆发和八国联军入侵，慈禧太后和光绪皇帝出逃到山西，锡良被火线提拔为巡抚，就调赵尔丰掌管东路防军营务处，他在对抗联军入侵时表现不俗。锡良比赵尔丰还小了几岁，但这并不妨碍两人关系很密切；当锡良在1903年从热河都统任上调任四川总督时，赵尔丰是他要调到身边的少数干部之一。

    川路公司督办毕竟只是一个企业的主管，而赵尔丰当时已经年近六十，仕途前景并不看好。不久，赵尔丰就调任永宁道道员、建昌道，这是地方实职，露脸的机会随后就到。1905年3月，西藏巴塘叛乱，驻藏帮办大臣凤全一行50余人被杀，震惊中外。“巴塘事变”的背景相当复杂，既有改革者推行新政造成与当地寺庙等既得利益者的激烈冲突，更有英国在西藏加紧渗透的因素。中央政府立即下令平叛，根据四川总督锡良、成都将军绰哈布的建议，派四川提督马维琪、建昌道赵尔丰会同剿办。此时已经60岁的赵尔丰，在平叛过程中手段狠辣，血洗“七村沟”等，赢得了一个“赵屠夫”的名头。这成为日后革命党证明其一贯“与人民为敌”的证据。赵尔丰的这个名头与早年间曾国藩得到的“曾剃头”绰号也十分相似。

    事变之后，崭露头角的赵尔丰留在川边督办善后，1906年，朝廷鉴于西藏局势非常严峻，从国家战略的高度，决定设立川滇边特别行政区，省级建制，赵尔丰就任首任川滇边务大臣。宦海煎熬30年后，他终于跃上了关键的副省部级（侍郎衔）台阶。但代价是巨大的，这位61岁的老人必须常年生活在高寒缺氧地带，处理棘手的边疆民族事务。

    川滇边务大臣的辖区，东起打箭炉，西至达丹山，南抵云南维西、中甸，北至青海玉树。赵尔丰上任后，不顾年迈，清户口，查地亩，规定粮税，废除土司，实行了一系列的改革，有效地加强了对这一地区的控制，巩固了国防。1908年，朝廷又任命赵尔丰兼任驻藏大臣，至此，正式位列封疆大吏。赵尔丰展现了卓越的经营边疆的才干，率领军队挫败了英国幕后操纵的西藏叛军，率军顺利进入拉萨，宣布革去十三世达赖的名号。他甚至建议朝廷“仿东三省之例，设置西三省总督”，四川总督应当移驻巴塘，在四川、拉萨各设巡抚，“藉以杜英人之觊觎，兼制达赖之外附”。

    赵尔丰大力推行改土归流，改土司制为流官制，加强基层政权