刘禄昌在追击赵匪的作战中英勇牺牲。马岭战斗后，第一团政委由张明科接任，并将保安县独立营编入第一团。此后第一团移住三岔一带，相机打击敌人。12月，第一团在三岔铁王山再次与赵老五土匪武装展开激战。这次战斗中，赵老五土匪虽人数不多，但却占据有利地势，据险负隅顽抗。第一团几次强攻禾克，遂改变战术，由团长杨瑞森指挥部队正面佯攻，由政委张明科带领骑兵分队。迂回到敌人背后发起猛烈攻击。在第一团的前后夹击下，赵老五土匪溃散逃窜，战斗胜利结束。在这次战斗中，第一团团长杨瑞森又不幸牺牲，陕甘宁省委军事部派汪祖美接任团长，继续开展剿匪作战。

    陕甘宁独立师第二团在陕甘宁省委军事部政委赖传珠的直接率领下，主要驻防靖边、定边、安边一带，开展剿匪斗争。这一带曾经是陕北军阀高双城长期盘据的地方，红军解放这一地区后，这里仍然流窜着高双城的一个骑兵营及国民党保安队、地方民团约达1000余人。这些反动武装经常袭扰苏区党政机关，蹂躏无辜百姓，气焰十分嚣张。8月，独立师第二团在安边、定边交界的韩家渠与敌展开激战，敌人凭借兵力众多，弹药充足的优势，向独立第二团发动疯狂进攻。独立第二团利用险要地形，沉着应战，打退敌人的多次冲锋。后因弹药告罄，只好沿山坡边打边撤。敌人见势愈加疯狂，穷追不舍。正在这紧要关头，红三十军前来增援独立师第二团的作战。独立第二团士气大振，立即向敌人发起冲锋，将敌打得落花流水，毙伤敌人400余人，残敌仓惶逃窜。这次战斗，独立第二团也付出了代价，伤亡100余人，团政委刘英负重伤，陕甘宁省委军事部派牛书申接替政委职务。完成这次歼敌任务后，独立师第二团返回环县，参加剿灭耿天海、赵老五的战斗。9月上旬，独立二团在石家台歼灭耿天海匪帮，平毁其据守的许多寨子。11月，第二团参加了山城堡战役，在此前后，独立师第二团在甘肃庆阳、环县木钵地区积极与进攻苏区的东北军作战，阻止了东北军的推进。

    由于独立第二团作战顽强，因而多次受到陕甘宁省委、省军事部的表彰。省委书记李富春对独立师第二团政委牛书申赞扬道；“那个地方（指环县、华池一带）的土匪都怕你们，当地老百姓非常信任你们，称你们是‘我们的二团’1937年4月8日，省委军事部政委赖传珠在陕甘宁边区的报纸上发表文章，对独立师第二团工作进行了表彰。①

    陕甘宁独立师第三团接受改编后，在环县、曲子一带开展剿匪斗争。1936年秋，第三团开赴镇原马渠和三岔一带协助地方政府开辟新根据地。当时马渠的沈家寨据点是一个硬钉子，对新苏区威胁极大。9月，陕甘宁独立师师长姚喆亲自来到第三团驻地，指挥部队的作战行动。沈家寨驻有敌民团武装50余人，伪团总是当地有名的恶霸。第三团包围沈家寨后，敌负隅顽抗。第三团围攻三昼夜，最后用架云梯的办法攻破寨子，但土豪劣绅及民团团丁已从地道逃跑了。第三团缴获银元、元宝一驮，粮食100石，还有许多布匹和衣服，补充了给养，基本解决了全团三个连的冬衣问题。战斗中没收的牛羊都分给了当地贫苦群众。

    围攻沈家寨后，第三团在毛井、黑山一带开展游击活动。这一带地域辽阔，人烟稀少，条件异常艰苦，尤其是吃水很困难，第三团克服困难，坚持斗争。不久东北军三个团前来“围剿”第三团。在敌强我弱的的形势下，第三团撤至曲子，后又转移到木钵，东北军步步进逼，第三团边退边阻击敌人，打了几个小仗。在此前后，第三团还承担了收容掉队的长征红军战士的任务，先后收容掉队的长征红军战士五六百人。①

    陕甘宁独立师第四团组建后，先随独立师师部在曲子镇附近驻防，清剿士匪，担任警戒任务。1937年7月18日，土匪张廷芝部进犯陇