受伤的左副帅刘复亨被送到了船上医治。元军统帅忻都召集其余将领讨论明天的军事行动。经过一天的战斗，元军对日本武士的勇猛战斗，颇有惧意，而且对一队队参战的武士部队难以估计其准确数字，以为数倍于元军。同时元军虽然占领了滩头阵地，但死伤不少，兵疲矢尽，并且统帅受伤，这些对久经战阵的元军统帅忻都产生了影响，从而不能准确地判断出战争双方的形势。高丽军将领金方庆比较冷静，他看到当时的战争形势对元军比较有利，只要坚持苦战，便能攻克大宰府，保住阵地以待援军。所以，他建议：“我军虽少，但已入敌境，人自为战，即孟明焚舟、淮阴背水计也。”

    忻都犹豫不决，由于担心日军夜袭，他打算命全军回到船上，这时精于水战的部将张禧“见山影浮波，疑暗礁在海口，会青髯见于水上，海水作硫磺气”，判断近日可能有暴风雨大室，建议全军上岸，在岸上扎营避雨，海湾中的战船则分散驻泊，“各舰相距百步下锚，以免大风至时相互碰撞损坏”，忻都采纳了张禧的建议，下令全部陆军以最快速度登岸，选择险要可避风雨之地扎营固守，海湾中的战船较小者驶入河口避风，较大者则各自相距百步下锚，以免碰撞。

    午夜时，台风暴雨果然大至（日本群岛四面环海，除东北部沿海外，均被来自热带太平洋的暖流所环绕，也就是人们常说的黑潮，气候形成较温和潮湿的海洋性季风气候。在每年八、九、十月间，日本西部和南部常遭台风袭击；博多湾恰好正位于台风的袭击区内），由于事先做了准备，元军避免了台风袭击时各舰船互相碰撞，所以损失极小，仅有大小战船二十二艘毁沉，方台风渐停之时，暴雨又降，海上漆黑一片，落海的兵将无法相救，故而溺死者约一千余人，受伤的左副帅刘复亨也在死难者之列。

    台风暴雨的来袭没有给元军造成太大的损失，但却坚定了忻都和元军众将的作战决心。忻都庆幸自己听了张禧的建议，没有上船，因而躲过一劫，他认为这是天意要助他成就征服日本的大功，是以第二天即二十二日一早便率军出发，前往进攻大宰府水城进攻日军。

    此时日军已在大宰府水城列阵，由于昨夜暴雨打湿了火药，元军火炮暂时不能发射，是以元军这一次没有使用火器，而是先以弓弩猛射日军，然后以骑兵向日军发动冲击，步兵跟进，日军兵少势弱，根本无法抵挡元军如同潮水般的进攻，全军五千余人尽为元军所屠灭，大宰府水城为元军攻占。

    在进攻大宰府的同时，忻都还派出一只小型舰队，前往长门海域，以牵制长门的守军，使其不敢救援大宰府。元军进攻长门的消息，震惊了镰仓幕府和京都。民心不稳，舆论惊慌，以致市中无米，民有饥色。谣言一个接着一个地传来：“元军占领九州、元军已从东海、北海入侵等等”。朝廷的公卿大臣尤为恐慌，在朝议中甚至有人主张迅速将朝廷迁往关东，招募武士浪人守卫京都等。后宇多天皇亲临神宫祈祷七昼夜，龟山上皇在清水神社祈祷，又派人去伊势神宫祝词：愿以身代国难。各王公大臣纷纷向寺、社献币、写经、诵经。

    北九州镇西守护所得知元军进攻后，在镇西奉行少贰藤原经资率领下的守护部队立即前往救援。日军总指挥为藤原经资，大友赖泰作副手，在他们领导下，有藤原经资领导的“三前二岛”的御家人武士部队、大友的丰后武士部队、筑后守护北条宗政、肥后守护安达成宗的、以及岛津久经所率领的萨摩、大隅、日向三地的守护武士部队。参加第一线的战斗人员大约有四万余人，连藤原经资的父亲、八十四岁的入道觉惠都披甲上阵。此外，四国和中国地方部分御家人和武士，参加了九州的战争，宇都宫贞纲率领约六万中国地方的武士部队，作为后备军在必要时将前往筑前支援。

    为了挽回军心士气，夜幕降临时，熟习